Het onbedoelde tariefonderscheid dat er nu nog bestaat tussen voordelen uit immateriële activa die onder het overgangsrecht van de oude innovatiebox vallen en de voordelen uit immateriële activa die onder de nieuwe innovatiebox vallen, wordt weggenomen. Daardoor vallen ook voordelen uit eerstgenoemde immateriële activa onder het effectief tarief van 7% in plaats van onder het oude tarief van 5%. De aanpassing krijgt terugwerkende kracht tot 1 maart 2018. Staatssecretaris Snel geeft in een brief aan de Tweede Kamer aan dat deze aanpassing wordt opgenomen in het Wetsvoorstel spoedreparaties fiscale eenheid.
De nieuwe innovatiebox is op 1 januari 2017 in werking getreden. Er geldt overgangsrecht tot en met 30 juni 2021 voor immateriële activa die uiterlijk op 30 juni 2016 zijn voortgebracht en waarvoor is gekozen de innovatiebox toe te passen. Hierdoor blijft de oude regeling van toepassing op deze immateriële activa. Zonder wijziging zou dit ook gelden voor het effectieve tarief van 5%, maar dat is niet de bedoeling.
